La posizione dell'isola di Panarea è Lat = 38° 38, 253N; Lon = 015° 03, 970E. Il piccolo scoglio di Basiluzzo situato a Nord-Est di Panarea è, invece, in posizione Lat = 38° 39, 912N; Lon = 015° 06, 777E.

Ad Est e a Sud-Est dell'isola emergono una serie di piccoli scogli cui è importante prestare attenzione specialmente se si naviga di notte. Più esattamente:

Est:

Scoglio Panarelli	Lat = 38° 38, 601N; Lon = 015° 05, 959E
Scoglio Dattilo	Lat = 38° 38, 381N; Lon = 015° 05, 788E
Scoglio Lisca Nera	Lat = 38° 38, 123N; Lon = 015° 06, 354E
Scoglio Bottaro	Lat = 38° 38, 280N; Lon = 015° 06, 609E
Scoglio Lisca Bianca	Lat = 38° 38, 378N; Lon = 015° 06, 820E

Sud-Est:

Le Formiche di Panarea

La più ad ovest Lat = 38° 37, 636N; Lon = 015° 04, 927N

Le Formiche di Panarea sono composte da 11 scogli affioranti. Prestare particolare attenzione durante la notte e quando il mare è agitato.

Panarea è considerata la perla delle Eolie. La baia protetta da Punta Peppemaria è uno dei luoghi in cui è possibile trovare un ormeggio protetto. Il fondale è sabbioso.

Un altro ormeggio sicuro, protetto dai venti da nord, è Cala Junco, posta quasi esattamente a Sud di Panarea. La cala è ampia e offre un bellissimo paesaggio: mare trasparente, scogliere a picco, rocce che si innalzano dalla superficie del mare proprio in mezzo alla cala. Il fondale è di ciottoli e sabbia. Le piccole e deliziose spiagge che circondano la baia sono ricoperte di grossi ciottoli levigati.